Sau khi rút khỏi chính trường, Ngô Khánh Thụy tiếp tục hoạt động trong sinh hoạt cộng đồng, giữ chức Phó Chủ tịch của Công ty Đầu tư Chính phủ Singapore (1981–1994), Cố vấn kinh tế của Quốc vụ viện Trung Quốc về phát triển duyên hải và Cố vấn du lịch (1985), Phó Chủ tịch của MAS (1985 – 31 tháng 5 năm 1992), Chủ tịch của Cục Bộ tổng Singapore (1988–1994), một giám đốc của Gateway Technologies Services Pte. Ltd. (từ 1991), cố vấn của Tập đoàn Ngân hàng United Overseas (từ 1 tháng 1 năm 1993), chủ tịch của N.M. Rothschild & Sons (Singapore) Ltd. (từ 1994), và phó chủ tịch của Hong Leong Asia Ltd. (từ 1995).[3] Từ năm 1983 đến năm 1992, ông là chủ tịch của ban quản trị Viện Triết học Đông Á, là cơ cấu ban đầu được thành lập để nghiên cứu Nho giáo. Viện sau đó chuyển trọng tâm sang phát triển chính trị và kinh tế của Trung Quốc, đổi tên thành Viện Kinh tế Chính trị Đông Á, và Ngô Khánh Thụy tiếp tục là chủ tịch ban chấp hành và chủ tịch ban quản trị cho đến năm 1995.[5] Tháng 4 năm 1997, thể chế được tái tổ chức thành Viện Đông Á dưới sự bảo trợ của Đại học Quốc gia Singapore.[24]

Năm 1986, Ngô Khánh Thụy ly hôn với người vợ đầu là Alice. Năm 1991, ông tái hôn với cựu đồng sự trong Bộ giáo dục là Phan Thụy Lương.[4][5] Ông bị đột quỵ lần đầu tiên vào năm 1999 và một lần khác vào năm 2000.[25] Theo con dâu của Ngô Khánh Thụy là Trần Thục San (Tan Siok Sun), tình trạng sức khỏe khiến ông phải rút lui và trở nên hết sức trầm lặng. Tháng 7 năm 2007, Trần Thục San cho xuất bản Goh Keng Swee: A Portrait. Vợ hai của Ngô Khánh Thụy tuyên bố rằng ông không được thảo luận về sách và biểu thị với bà rằng ông không muốn có bất kỳ sách nào viết về mình. Trong một phỏng vấn với The Straits Times, Trần Thục San cho biết không muốn kéo dài sự việc.[26]

Ngày 14 tháng 5 năm 2010, Ngô Khánh Thụy từ trần vào sáng sớm, thọ 91 tuổi.[27] Thi thể ông được quàn tại Tòa nhà Quốc hội từ 20 đến 22 tháng 5,[28] và một tang lễ cấp nhà nước được tổ chức vào ngày 23 tháng 5 năm 2010 tại hội trường Singapore tiếp theo là một lễ kỷ niệm cá nhân dành cho các thành viên gia đình tại nhà hỏa táng Mandai.[29] Hậu sự do Giáo hội Giám Lý tiến hành, với một thông điệp do Giám mục Giám Lý Singapore Robert M. Solomon truyền tải.[30] Quốc kỳ Singapore được treo rủ tại toàn bộ các tòa nhà chính phủ từ 20 đến 23 tháng 5.[31]